Обязательная гигиеническая сертификация, проводимая на территории России в виде СЭЗ, после принятия государствами членами таможенного союза положений сертификации и надзора за продукцией на территории таможенного союза была заменена на гигиеническую сертификацию продукции в рамках таможенного союза.

Изначально после вступления в силу положений ТР ТС о санитарном и эпидемиологическом контроле и надзоре за продукцией был выпущен список продукции, дополненный решением комиссии таможенного союза о недопущении двойной сертификации. Согласно данному решению продукция, попавшая в список технических регламентов таможенного союза по которой ранее проводилась гигиеническая сертификация исключается из этого списка, а ее дальнейшая сертификация проводится в рамках ТР ТС. Также следует помнить, что существует не только обязательная гигиеническая сертификация продукции, выполняемая в данный момент в виде свидетельства о государственной регистрации, для продукции, не включенной в список обязательной к гигиенической сертификации можно оформлять Экспертные заключения (ЭЗ).

Добровольная гигиеническая сертификация в виде экспертного заключения оформляется, как и обязательна, по результатам гигиенических испытаний и служит заказчикам в качестве дополнительного конкурентного преимущества их продукции перед конкурентами.