Продукция пищевой промышленности проходит сертификацию по иным стандартам, нежели сертификация напитков, таких как соки или молоко.

Для проведения сертификации напитков различных типов существует два регламента таможенного союза для соков и сокосодержащей продукции — ТР ТС 023/2011 Технический регламент на соковую продукцию из фруктов и овощей, а сертификация напитков на основе молока проводится по требованиям технического регламента таможенного союза ТР ТС 033/2013 О безопасности молока и молочной продукции.

Для проведения сертификации напитков исходя из требований руководящего их сертификацией регламента таможенного союза проводят обследование производства продукции, отбор образцов для испытаний и анализ технической документации на продукцию, кроме того проверяют соответствие названия продукции ее составу.

Например, для напитка типа фруктового сока с содержанием доли натурального или восстановленного сока в проценте меньше допустимого запрещает называть продукцию соком, сертификация напитков такого типа проводится по наименованию сокосодержащий напиток. Для молока сертификация напитков и изделий молочной промышленности ситуация аналогичная, дополнительно есть планы ввести обязательную маркировку продукции содержащей сухое молоко.

В подтверждение того что сертификация напитков была проведена на этикетку продукции наносится знак свободного обращения на рынке таможенного союза (знак качества системы сертификации ТР ТС).