Да, представительство компании, зарегистрированное на территории таможенного союза, может быть заявителем на сертификацию, однако следует обратить внимание на юридическую форму, в которой зарегистрировано представительство. Форма собственности без ведения хозяйственной деятельности неприменима при сертификации (например, сертификат таможенного союза на ТОО оформить нельзя, у ТОО нет ОГРН).